Inštitút histórie (IH) vznikol zlúčením troch katedier dejín na FF PU 1. septembra 2005 v súlade s dlhodobým zámerom FF a v súčinnosti s dlhodobým zámerom PU v snahe o posilňovanie jednotlivých pracovísk fakulty a znižovaním duplicít na PU. Vychádza aj zo záujmu o vybudovanie centra vedeckého výskumu v oblasti dejín, archívnictva, dejín relígií a archeológie na východnom Slovensku, ktoré je a predpokladáme, že aj zostane, naďalej jedným z najvýznamnejších univerzitných historických pracovísk na Slovensku.
Inštitút histórie na FF PU zabezpečuje pedagogický proces pre študijné programy odboru dejepis, odborníkov archivárov a jednoodborové štúdium histórie, plnil a plní aj úlohy vyplývajúce z hľadiska rozvoja vedeckovýskumnej a publikačnej činnosti. Z tohto uhla pohľadu IH sa vo svojom vedeckovýskumnom zameraní orientuje predovšetkým na problematiku národných a regionálnych dejín, ďalej európskych a svetových dejín, a to z hľadiska aké zameranie majú členovia IH a členovia jednotlivých katedier IH. Ide o predpoklady odborné, materiálne, finančné, jazykové a iné. Tematika vedeckovýskumného zamerania je orientovaná predovšetkým na také problémy, ktoré korešpondujú čiastočne s pedagogickým zameraním jednotlivých učiteľov, aj keď nie vždy je možné aplikovať tento postup. Problematika vedeckého výskumu je veľmi široká, nakoľko učitelia IH sa venujú dejinám praveku, staroveku, stredoveku, novoveku a najnovším dejinám. V oblasti vedeckovýskumnej špecializácie isté vákuum tvoria dejiny staroveku a pomocných vied historických, nakoľko IH nie je ani personálne a ani finančné dostatočne pripravený zvládnuť požiadavky kladené na realizáciu úloh v tejto oblasti dejín.
Inštitút histórie pokračuje v doterajšom rozvoji vedeckovýskumnej činnosti na základe doterajších osvedčených formách (VEGA, KEGA apod.), ktoré sa rozvíjali na predchádzajúcich pracoviskách FF a FHPV, avšak do budúcnosti bude potrebné usilovať sa o realizáciu projektov medzinárodného charakteru, prípadne projektov štátneho výskumu apod.
V súčasnosti toto pracovisko pripravuje nové možnosti prepojenia pracovníkov celého IH pre získanie medzinárodných grantov, prípadne zapojiť sa do medzinárodných grantov na iných pracoviskách. Vytvára nové formy z hľadiska väčšieho využívania a napojenia na projekty na iných pracoviskách fakulty, či univerzity, vydávania rôznych publikácii, či zborníkov v printovej podobe ako aj v elektronickej podobe na webovej stránke (zvlášť veľkú pozornosť budeme venovať tejto stránke z hľadiska možnosti informovanosti študentov, učiteľov, ale aj záujemcov o štúdium historických odborov na FF PU ).
Inštitút histórie sa snaží zapájať doktorandov, ale aj študentov do niektorých aktivít vedecko-výskumnej činnosti – napríklad rozvojom ŠVK. Na IH rozvíjame spoluprácu s pracoviskami podobného zamerania v zahraničí, predovšetkým v Čechách, Rakúsku, Nemecku, Maďarsku, Poľsku, Ukrajine a budeme naďalej prehlbovať spoluprácu s doterajšími partnerskými pracoviskami doma aj v zahraničí v oblasti vedy a výskumu.

Inštitút histórie tvoria tieto katedry:

» Katedra archívnictva a pomocných vied historických
» Katedra najstarších dejín a dejín relígií
» Katedra stredovekých a ranonovovekých dejín
» Katedra novovekých a najnovších všeobecných dejín
» Katedra novovekých a najnovších slovenských dejín